南京大学地球科学博物馆初建于南京大学百年校庆的2002年，由地球科学系主建，并先后得到校友潘龙泉先生、黄成华先生、彭兆远先生、季强先生、周忠和先生、侯连海先生和西北大学、云南师范大学等个人、校友和单位的资助与实物捐赠。2023年进行维修、增补和重新布局，力求使之成为一个传播科学知识、培养爱国情怀的重要科普场所。本馆由镇馆之宝展室、矿物岩石矿床展室、板块构造与构造变形展室、生命演化与古生物化石展室、矿物岩石与中国文化展室组成。

立体展现雕塑史论、肖像雕塑、环境雕塑、宗教雕塑，包含党建主题、历史人物、抗日主题、抗疫主题等系列作品。

大气科学学院院史馆于2024年百年院庆时开馆，以图片、文献、实物、互动设备等全景展示南京大学气象学科的历史沿革、人才培养、教育教学、科研成就、杰出人物、重要社会贡献，以及历届校友群体图片资料等。

哲学系史馆于2020年哲学系百年系庆时开馆，馆内的珍贵历史资料和详实的发展历程，展示了不同历史节点南京大学哲学学科在教学、科研、人才培养、社会服务与影响等方面取得的重要成就，成为同行专家学人来访、师生交流、院友回访母校的必游之地。

南京大学中共党史资料馆于2009年7月1日开馆，是全国唯一以“普通党员原始资料”为展品的党史馆，馆内所藏资料达10万多卷（件），时间跨度为1920年至今，主要包括党员干部个人资料，抗日战争时期的入党志愿书，延安整风运动时期的党员鉴定、党员思想自传，解放战争时期的土改鉴定、三查三整鉴定，不同历史时期的支部文献、党员课本等。

拉贝与国际安全区纪念馆于2006年10月31日建成。展陈拉贝先生和国际安全区有关史料、照片1000 多件（张），拉贝日记复制件 800 多页，100 多页中英文对照的展版，50 多项有关拉贝、南京大屠杀和国际安全区的录像。在和平爱国教育、传播和平思想、传承和平文化等领域发挥重要作用，获评“全国重点文物保护单位”，入选“国家级抗战纪念设施及遗址名录”等。