南京大学“学科特区”管理模式始于哈佛大学分子医学实验室一次跨国界的“成建制”迁移。
1999年秋,南京大学校长蒋树声前往美国参加中美大学校长论坛,了解到在科研水平世界一流的哈佛大学分子医学研究室工作的华人学者们有回国工作愿望却有所顾忌,他专程到哈佛大学拜访华人学者刘建宁教授并与他进行了长时间的交流,促成了将哈佛大学医学实验室软硬件整体引进南京大学的合作。于是,通过出台一系列相应政策,突破我国高校现有的管理体制,南京大学第一个“学科特区”——分子医学研究所于1999年12月正式挂牌。
2000年11月,以美国伯克利加州大学森林与环境监测与评价中心主任宫鹏博士、日本名古屋大学地球与行星科学系张万昌博士、中科院遥感所田庆久教授等为主要成员的国际地球系统科学研究所成立,成为第二个“学科特区”。
2001年6月,由1994年获得美国总统教授奖的美国纽约大学张增辉教授与我国著名化学家、中科院院士江元生教授共同领衔成立了理论与计算化学研究所,成为第三个“学科特区”。
2003年,从美国著名大学回南京大学工作的高翔牵头组建的模式动物研究所,成为第四个“学科特区”。
2003年10月,南京大学组建由美国麻省理工学院首席教授田刚出任所长的现代数学研究所,成为第五个“学科特区”。
2005年4月,南京大学在发展理工科“学科特区”的基础上成立的南京大学人文社会科学高级研究院,成为第六个“学科特区”。